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Ich hatte bei mir vorher nichts deinstalliert, einfach die BRouter 1.3.1 .apk-Datei ausgeführt. Vorher musste ich natürlich das in den Sicherheitseinstellungen genehmigen (...Installation von Apps aus unbekannten Quellen).
Umbenennen musst/darfst Du auch nichts, der neue Ordner Segments4 wird automatisch angelegt.
Ob es Probleme mit CM12.1 gibt, kann ich Dir nicht sagen, da ich es nicht nutze.

Vielen Dank, wieder tolle Arbeit!  Mein erster Eindruck: Funktioniert astrein! Habe nun wieder viel mehr Speicherplatz, Segments3 habe ich bis auf eine Datei (Testzweck) ausgemistet. Die Berechnungen klappen prima und flott. Eine Testroute von etwa 15km durch den eng verzweigten Berliner Dschungel zu Fuß dauerte ganze 6 Sekunden. Downloads in Segments4 ohne Probleme. Klasse!

Versuche es dann mal mit dem Intervall 3 Sekunden, wenn Du es genauer haben willst.
Das würde bei 3sec. Intervall bedeuten:
bei 2m/s (5,6km/h) alle 6m einen Trackpoint (zum Vergleich bei 5sec. Intervall alle 10m)
bei 3m/s (10,8km/h) alle 9m einen Trackpoint (zum Vergleich bei 5sec. Intervall alle 15m)
bei 4m/s (14,4km/h) alle 12m einen Trackpoint (zum Vergleich bei 5sec. Intervall alle 20m)
bei 5m/s (18km/h) alle 15m einen Trackpoint (zum Vergleich bei 5sec. Intervall alle 25m)
bei 6m/s (21,6km/h) alle 18m einen Trackpoint (zum Vergleich bei 5sec. Intervall alle 30m)
usw.
Und bei Stillstand hoffentlich keine Knäuel... 

Locus prüft alle 5sec., ob die gesetzten Bedingungen erfüllt sind. Bewegst Du Dich mit 2,5km/h, schreibt Locus nach 5 Sekunden nichts in den Track, wohl aber dann bei der nächsten Abfrage nach 10 Sekunden (2 x 5sec.), da Du Dich seit dem letzten Aufzeichnungspunkt (...vor 10 Sekunden) inzwischen ca. 7m entfernt hast.
Bei Radfahren ist es ja so, dass man davon ausgehen kann, dass man bei hohen Geschwindigkeiten eh eine relativ geradelinige Strecke fährt. Da reichen mir auch alle 50m ein Trackpunkt. An einer leichten Eckigkeit des Tracks störe ich mich nicht. Fahre ich kurvige Strecken, fahre ich in der Regel viel langsamer. Auch bei beispielsweise 15% und mehr Steigung wird die Tachoanzeige schnell einstellig... . Die Trackpunkte rücken dann logischerweise auch näher zusammen. Knifflig wird es häufig bergab bei engen Serpentinen, damit muss ich dann leben. Oder ich ändere halt vorher das Profil...
Für einen guten und präzisen GPS-Empfang ist es außerdem sehr wichtig, das Smartphone nicht mit dem eigenen Körper  abzuschirmen. Das stelle ich immer wieder fest, wenn ich beim Biken mein HTC in der Brusttasche meiner Windweste trage. Mein ganzer Körper befindet sich somit zwischen Empfänger und Satelliten. 10m Abweichung treten dann häufiger auf. In der Außentasche des Rucksacks oder in der Mini-Satteltasche wird der Track genauer. 

Einstellungen --> Trackaufzeichnung, dann zum Ändern rechts klicken.
Ändere mal das Radprofil auf 5m Distanz, (5sec. Intervall, "Distanz und Zeit" so beibehalten). Locus schreibt dann alle 5m einen Punkt, so Du schneller als 3,6km/h bist. Bewegst Du Dich langsamer, schreibt Locus nach 2x5sec. einen Punkt. Ob dann schon Knäuel bei absolutem Stillstand entstehen, wirst Du ja sehen... Ich denke, die Grenze, ab wann Knäuel entstehen, ist von der Quailtät des GPS-Empfängers des Smartphones sowie von den örtlichen Gegebenheiten abhängig. Und es gibt diesbezüglich gute und weniger gute Smartphones. Wie bereits oben geschrieben, entstehen bei meinem HTC One S bei 10m Distanz überhaupt keine Knäuel. Ich habe diese Grenze selbst aber noch nicht ausgelotet, weil ich mit den 10 Metern Mindestdistanz gut leben kann.
Du kannst auch das Intervall verkürzen, wenn Du einen weniger "eckigen" Track schreiben willst. Rechenbeispiel: Bei einer Geschwindigkeit von 5m/s (18km/h) würde Locus alle 25m Meter einen Punkt aufzeichnen. Verkürzt Du das Intervall auf 3 Sekunden, schreibt Locus bei dieser Geschwindigkeit alle 15m einen Punkt. Fährst Du mit diesen Einstellungen 3m/s (10,8km/h), schreibt Locus bereits nach 9m Wegstrecke einen neuen Punkt in die Trackdatei, da 9m > 5m Mindestdistanz zutrifft.

[und]

Wenn Du die Distanz von 1m auf beispielsweise 6 oder 8m änderst, dürften kaum mehr Knäuel entstehen. Einfach mal testen, was zwischen 5 und 10m für Dich am besten aussieht. Bei meinen eingestellten 10m entstehen überhaupt keine Knäuel. Enge Kurven werden bei 10m allerdings leicht eckig, genau wie bei Alohas Beispielbild. Das sieht man jedoch nur bei großer Zoomstufe.
Es muss dann aber Aufzeichnungsbedingungen auf "Distanz und Zeit" eingestellt sein, ansonsten schreibt Locus während der Rast fleißig weiter. Mein Vorschlag zum Herantesten: Mindestdistanz 6m, Intervall 4sec, das enstpricht einer Mindestgeschwindigkeit von 5,4km/h für die Aufzeichnung jeden Punktes alle 4sec. Locus schreibt dann nur Punkte in die Datenbank, wenn Du Dich vom letzten Aufzeichnungspunkt 6m entfernt hast. Sind es nicht 6m, wird nichts geschrieben und nach 4sec. wird erneut ja geprüft. Wanderst Du eher gemächlicher, probiere Mindestdistanz 6m, Intervall 8sec (Aufzeichnung ab 2,7km/h Bewegung). Das spart einige Berechnungen und somit etwas Akku.

[oder]

Standard ist "Distanz und Zeit", glaub ich. Wenn Du die Aufzeichnungsbedingungen auf "Distanz oder Zeit" setzt, schreibt Locus jeden gelaufenen Meter in den Track. Das Zeitintervall 10sec. dürfte dann bei geringster Bewegung keine Rolle mehr spielen. Geeignet zum Joggen beispielsweise, würde ich sagen. Für lange Wandertouren u.ä. weniger. Der Akkuverbrauch dürfte deutlich höher sein. Durch die GPS-Genauigkeitsschwankungen müssten dann aber auch Wirrwarr-Fadenknäuel an Rastplätzen entstehen. Hast Du so etwas schon bei Deinen aufgezeichneten Tracks beobachten können? Wieviel Strom pro Stunde frisst die Aufzeichnung bei diesen Einstellungen?

Das Standard-Track-Profil Hike würde den Track noch eckiger machen, da das Aufzeichnungsintervall größer ist. Fünf Sekunden sind schon gut gewählt für Radtouren.
Diese Ungenauigkeiten muss man einfach akzeptieren. Will man es besonders schön, kann man ja den Track nachträglich am PC bearbeiten. Aber wozu? Mir ist wichtig sicher durchs Gelände geführt zu werden und nie die Orientierung zu verlieren. Genau das funktioniert mit Locus und OSM-Karten einwandfrei. Ich komme gerade aus dem Harz und bin wiederum von OSM und Locus überzeugt worden. Knapp 7 Stunden spontane MTB-Tour ohne Ortskenntnis von Schierke durch die Berge mit vielen gewählten Umwegen nach Wernigerode und zurück (45km, 1300 gefahrene Höhenmeter). Ich habe insgesamt gefühlt 50-60mal auf die OSM-Karte gucken müssen, auch beim Stadtbummel durch Wernigerode. Ohne Navigation - aber durchweg getrackt, der Akkuverbrauch belief sich auf 56%, das entspricht einem Verbrauch von 8,3% pro Stunde.
Noch ein anderer Gedanke: Vor nicht allzu langer Zeit liefen wir mit wunderschönen Papier-Wanderkarten los. Diese hatten bestenfalls einen Maßstab von 1:20000 und waren mehr oder weniger handgezeichnet. Die oben festgestellten 10 Meter Abweichung würden auf solch einer Karte gerade mal 0,5mm bedeuten. 

Das sind normale Abweichungen. Stellenweise bis zu 20m "daneben" habe ich auch manchmal. Insbesondere bei miesem Wetter und in Häuser- und Felsenschluchten sowie in dichten waldigen Gegenden und an selbigen Uferwegen. Insgesamt machen mein altes 3 Jahre altes HTC & Locus die Sache aber recht gut und vor allem zuverlässig.
Die andere Möglichkeit der nicht ganz exakten Wegeinzeichnung auf der Karte hast Du ja selbst schon in Betracht gezogen.
Wenn Du so etwas feststellst, kannst Du gerne den Weg bei OSM zur Überprüfung melden bzw. dort selbst prüfen und anpassen. Fortan wäre der Weg für alle präzise auf der Karte.
Hier der Ausschnitt wie er bei OSM aussieht:

Hast Du die entsprechenden Dateien (Feld L32 aus der genannten Karte) im srtm-Ordner? Bei mir funktioniert es tadellos, allerdings nutze ich Vectorkarten von openandromaps.org.

Lade Dir z.B. hier die entsprechenden DEM-Dateien herunter:
http://www.viewfinderpanoramas.org/Coverage%20map%20viewfinderpanoramas_org3.htm
Kopiere die *.hgt-Dateien in den Ordner .../Locus/Data/srtm.

Ich greife nochmal die guten Ideen von 0709 auf, die mich nach einigen Überlegungen zu folgendem Wunschergebnis für die Routenplanung und der damit verbundenen Routenführung führen: 

Routenplanung mit ,,Route and Measure":

Es können über verschiedene Buttons zwei Arten von Zielpunkten gesetzt werden.
1. Must-Via-Points (rot)
2. Not-Must-Via-Points (gelb)

Der Startpunkt (from) und der Endzielpunkt (to) werden automatisch bei Abschluß der Planung auf Must-Via-Point gesetzt , falls nicht so gesetzt.
Alles andere wie gehabt, die Funktion ,,Route and Measure" ist sehr gut gelungen.

Die gelb gesetzten Via-Points dienen ausschließlich der Erstberechnung der Route.


Neuberechnung während der Routenführung/-navigation:

Strikte Routenführung aktiviert:
Bei Abweichung von der Route wird auf kürzestem Weg zur Route zurücknavigiert. In vielen  Fällen bedeutet das eine Kehrtwende. Hierfür müsste es notfalls eine kurze Sprachansage geben.

Strikte Routenführung NICHT aktiviert:
Bei notwendigen Neuberechnungen durch Abweichung von der Route werden ausschließlich die Must-Via-Points berücksichtigt. Das heißt, die Route zum nächsten Zielpunkt (Via-Point oder Endziel) wird neu berechnet, die restliche Route bleibt unverändert und wird so übernommen.

Bitte um Eure Meinung!

@Hannes14: Weil meiner Meinung GPS-Auto-Off eben nicht die höchste Priroität haben darf. Es ergibt keinen Sinn ohne aktuelle und exakte GPS-Daten irgendwelche Datensätze in den Track zu schreiben. Tracken, Navigieren, Routenführung und Zielführung benötigen stets exakte GPS-Daten. GPS muss also während der Trackaufzeichnung auch bei minimiertem bzw. ausgeschaltetem Bildschirm gemäss des eingestellten Aufzeichnungsintervalls aktiv bleiben bzw. bei langen Intervallzeiten werden. Ab einer gewissen Größe des Aufzeichnungsintervalls lohnt es sich sicher zwischendurch das GPS auszuschalten um den Akku zu schonen. Wieviel Sekunden das sind, kann ich nur schätzen, ...vielleicht ca. 15 oder 20 Sekunden Intervallabstand.
Ich bin ja erst über Oruxmaps zu Locus gekommen, dort sieht man beispielsweise ab einem Aufzeichnungsintervall von mindestens 15sec., dass Oruxmaps das GPS zwischendurch automatisch abschaltet. Die Stromersparnis zwischen Aufzeichnungsintervall 8sec. und 15sec. ist dabei enorm (3,2% zu 6,6% Akkuverbrauch pro Stunde durchschnittlich ergaben zahlreiche Tests). 15sec. sind allerdings nur für Wanderungen geeignet, bei Radtouren empfehle ich Intervalle zwischen 4 und 8 Sekunden.
Bei Locus habe ich das noch nicht verglichen, bei meinem Standard-Aufzeichnungsintervall von 6sec. liege ich aber immer um die 7% stündlichen Akkuverbrauch +/- 0,5%. Das ist ein guter Wert. Notfalls habe ich eine Mini-Powerbank dabei, habe ich aber noch nie gebraucht.

GPS-Auto-Off hilft Strom zu sparen, wenn diese oben genannten Locus-Funktionen nicht aktiv sind. So verstehe ich diese Funktion. Ich muss dazu sagen, dass ich bei mir diese Funktion nicht aktiviert habe. Die Funktionstüchtigkeit dieser Funktion kann ich folglich nicht beurteilen.

Ich danke Euch beiden für das Feedback und die Tipps!
Schön zu lesen, dass diese Umstände mit den Zwischenzielen bei der automatischen Routenneuberechnung schon längst erkannt worden sind. Hätte mich auch gewundert...
@zossebart: Ja, das Locus-Tool für die Routenplanung ist klasse, damit lässt sich wunderbar arbeiten.
@0709: Via points (must-pass-points) und optionale Points zu unterscheiden und zu setzen wäre bei der Routenplanung auch eine gute Lösung.
Na mal gucken, wie das Problem gelöst wird. Ich werde auf jeden Fall wieder testen...

[Ursprungsdaten]

Zuerst einmal vielen Dank für die Neuerung nun beim Navigieren Zwischenziele setzen zu können. Toll, wie sich Locus immer weiterentwickelt!  Habe nun mit BRouter getestet.
Eine erste Frage an die Entwickler: Warum können nur zwei Zwischenziele festgelegt werden? Wünschenswert wären oftmals mehr, beispielsweise 6 oder gar 8.
Zur meiner eigentlichen Frage: Warum werden die Zwischenziele bei automatischer Neuberechnung bei Abweichung von der Route nicht mehr berücksichtigt? Die Erstberechnung funktioniert einwandfrei, alle Zwischenziele werden in der richtigen Reihenfolge angesteuert.
Ich kann es mir nur so erklären, dass Locus im Fall einer nötigen Neuberechnung die eingegebenen Ursprungsdaten nicht mehr an den Routendienst übergibt.Sind sie vielleicht nach Routenstart nicht mehr vorhanden oder werden sie nur einfach nicht in die Neuberechnung der Route einbezogen?

Eine Anregung zur Weiterentwicklung von Locus:
Eine Lösung wäre, dass alle gesteckten Zwischenziele und das Endziel bei Routenstart in der Datenbank als unerledigt gesetzt werden, bei Annäherung auf ca. 10m als erledigt gelten und so gesetzt werden. Bei einer eventuell notwendigen Neuberechnung bei Abweichung von der Route werden dann nur die unerledigten gesetzten Zwischenpunkte in der Datenbank berücksichtigt.
Ist das umsetzbar? Wäre Klasse, das würde die Locus-Navigation noch attraktiver machen...! 

PS: Um den Faden weiter zu spinnen..., es müsste dann nur die Strecke zum nächsten gesetzten und nicht erledigten (Zwischen-) Punkt X neu berechnet werden, die restlichen (bereits berechneten) Routenpoints der bisherigen Route werden ab Punkt X übernommen hinten drangehangen. Das würde in vielen Fällen eine Menge Berechnungszeit sparen.